花椒的整形修剪，一般可分为冬季修剪和夏季修剪两种。从花椒树落叶后到翌年发芽前的一段时间内进行修剪的叫冬季修剪，也叫休眠期修剪。在花椒树生长季节进行的修剪叫夏季修剪，也叫生长期修剪。
在冬季，花椒树营养逐步从叶子转运到小枝内，回运到大枝继而运到骨干枝上，然后再由主干往根系运送。到了春天萌芽前，这些营养又向上述的反方向运至枝和芽内，供萌芽、开花之所需。

冬季修剪的绝大多数方法都是剪去一定数量的枝和芽，这些枝和芽所保留的养分，也就随之而浪费了。为了减少养分的损耗，在养分由枝、芽向根系运送结束后，而没有来得及再由根、干运回至枝、芽之前的一段时间内进行修剪最为有利。实践证明，在一二月间进行修剪为最好。
冬季修剪大都有局部刺激生长的作用，因为剪去了一部分枝、芽，使去年积累的养分更为集中的运送到枝顶生长部分，而且分配的量也多，再加上输导组织的改善和运输道路的缩短，往往对剪口下的枝芽有明显的刺激作用。
修剪方法
因修剪的目的和时期不同而采用的方法也有所不同。花椒树主要在冬季休眠期进行修剪，此期树体的大部分养分已输送到骨干枝和根部贮藏起来，修剪损失养分最少。
通常多采用短截、疏剪、缩剪、甩放等方法。另外，在营养生长期进行修剪叫夏季修剪或生长期修剪，调节养分的分配运转，促进坐果和花芽分化。
夏季修剪使用的方法有开张角度、抹芽、除萌、疏枝、摘心、扭稍、拿枝、刻伤、环剥等，分别在不同情况下应用。花椒修剪的方法，常用的有以下几种：

1.短截
短截是剪去一年生枝条的一部分，留下一部分，是花椒树修剪的重要方法之一，也叫短剪。短剪对枝条局部刺激作用能使剪口下侧芽萌发，促进分枝。一般说，截去的枝愈长，则发生的新枝也愈强壮。剪口芽愈壮，发出的新枝也愈强壮。短截依据剪留枝条的长短，常分为轻短截、中短截、重短截和极重短截。不同短截的修剪反应如图。
（1）轻短截
剪去枝条的少部分，截后易形成较多的中、短枝，单枝生长较弱，但总生长量大，母枝加粗生长快，可缓和枝势。
（2）中短截
在枝条春稍中上部饱满芽处短截。截后易形成较多的中、长枝，成枝力高，单枝生长势较强。

（3）重短截
在枝条中、下部短截，截后在剪口易抽生1~2个旺枝，生长势较强，成枝力较低，总生长量较少。